APAT svolge i compiti e le attività tecnico scientifiche di interesse nazionale per la protezione dell'ambiente, per la tutela delle risorse idriche e della difesa del suolo e fornisce supporto al Ministero dell' ambiente e della tutela del territorio e del mare. L'APAT è integrata in un sistema a rete, il Sistema delle Agenzie Ambientali, che conta oggi la presenza sul territorio nazionale di 21 tra le Agenzie Regionali (ARPA) e Provinciali (APPA)
